Los datos más antiguos que se conocen sobre la Cofradía del Paso del Huerto datan de mediados del siglo XVII, siempre como una Hermandad filial del Cabildo de la Vera Cruz. Es en 1741 cuando se independiza de dicho Cabildo, aún manteniendo con éste, como todas las demás Hermandades que lo componían, ciertas vinculaciones que aún no son conocidas con plena exactitud. En ese momento fueron aprobadas nuevas constituciones, siendo nombrado como secretario Antonio Avendaño. En el siglo XIX su imagen titular, como el resto de las que, pertenecientes a la Vera Cruz recibían culto en la ermita de San Roque es trasladada a la de Ntra. Sra. de la Luz por la ruina de su primer emplazamiento que había sido quemada por las tropas francesas. Durante gran parte del siglo XIX su historia permanece vinculada a los Mariana, estirpe de impresores que fueron secretarios de la Hermandad. Terminada la contienda civil, un grupo de antiguos hermanos se vuelven a reunir con el fin de reimpulsarla, para lo cual recuperan la antigua imagen de Marco Pérez, que no había sufrido daños durante el conflicto, y encargan a este escultor la restauración de la imagen de Cristo.
La Hermandad del Huerto de San Antón fue una de las que más pronto se pusieron a trabajar después de la Guerra Civil. La primera de las actas que se conservan está fechada el 14 de enero de 1940, en la sacristía de la iglesia de El Salvador. En este momento es cuando se empiezan a tomar las primeras medidas para recuperar la hermandad de nuestros antepasados, y a trabajar también para que la Semana Santa de Cuenca pudiera hacerse realidad.
Ya en 1941 se recibe oficio de la Junta de Cofradías mediante el cual ésta se compromete a pagar la cantidad que pudiera deberse todavía en concepto de pago de la imagen titular, así como a policromar a su costa la imagen del ángel, con la única condición de que la hermandad diera el visto bueno para que se prestara la imagen a la hermandad homónima del Miércoles Santo, que todavía no había podido adquirir sus propias tallas, para que ésta pudiera desfilar también en su procesión, deseo que fue aprobado por unanimidad de todos los presentes.
Al año siguiente, la nueva imagen del escultor madrileño pudo al fin ser admirada por los conquenses durante la procesión del Jueves Santo.
El compositor conquense Julián Aguirre dedicó a esta Hermandad, en el año 1980, la marcha procesional titulada "Oración del Huerto". En 1998 la Hermandad publica el libro Huerto del Jueves Santo. Historia de una Hermandad, del hermano Julián Recuenco.
La Hermandad del Huerto de San Antón fue una de las que más pronto se pusieron a trabajar después de la Guerra Civil. La primera de las actas que se conservan está fechada el 14 de enero de 1940, en la sacristía de la iglesia de El Salvador. En este momento es cuando se empiezan a tomar las primeras medidas para recuperar la hermandad de nuestros antepasados, y a trabajar también para que la Semana Santa de Cuenca pudiera hacerse realidad.
La Hermandad quedó nuevamente constituida, contando con treinta y dos cofrades, de los cuales uno de ellos había conservado en su almacén, al no haber espacio en el pequeño altar de la iglesia, la talla del ángel, por lo que ésta fue la única imagen que se conservó de las que había tallado Marco Pérez para la Hermandad antes de la Guerra Civil durante su primera etapa como imaginero,
Todo se hizo de manera apresurada para que, en la Semana Santa de ese mismo año, la Hermandad pudiera desfilar. Tanto es así, que apenas pasados dos meses de este acta, ya se había realizado la restauración, tanto de la Imagen como de las andas, por el propio Luis Marco Pérez, y que ambas cosas se hallaban depositadas en el comercio conquense “El Paraíso”, a la espera de que la hermandad abonara la deuda contraída con el escultor, que ascendía a 200.000 pesetas.
De esta manera, nuestra Hermandad, con algunas antiguas imágenes que habían formado parte de este desfile, pudo salir aquel 21 de marzo, Jueves Santo.
Ya en 1941 se recibe oficio de la Junta de Cofradías mediante el cual ésta se compromete a pagar la cantidad que pudiera deberse todavía en concepto de pago de la imagen titular, así como a policromar a su costa la imagen del ángel, con la única condición de que la hermandad diera el visto bueno para que se prestara la imagen a la hermandad homónima del Miércoles Santo, que todavía no había podido adquirir sus propias tallas, para que ésta pudiera desfilar también en su procesión, deseo que fue aprobado por unanimidad de todos los presentes.
En 1942 se comienza a gestionar la adquisición de unas nuevas andas, hecho que se hizo realidad al año siguiente a un precio máximo de 2000 pesetas, quedando las antiguas en venta. Estas andas fueron realizadas por Apolonio Pérez Llandres.
Un dato curioso es que por esta década de los 40 la hermandad llegó al siguiente acuerdo referente a la maqueta del paso:
«Tras breve discusión se aprueba se subaste todos los años la tenencia del ángel que llevaba antiguamente el olivo que hacía grupo con la imagen, teniendo preferencia en igualdad de condiciones el hermano Juan Martínez en atención de la antigüedad del hermano y de haber desempeñado durante bastantes años el cargo de depositario. Puesto a subasta para la tenencia durante el año 1945 al 1946 es adjudicado al hermano Antonio Pérez en el precio de 25 pesetas.»
Durante 1946 fue restaurado el altar en el que se daba culto a la imagen titular a iniciativa de la propia hermandad con el fin de dar más realce a la propia capilla. En 1948 se acordó la adquisición de la tela necesaria para cubrir las andas del paso. También ese mismo año se llegó al acuerdo de incorporar luz eléctrica a las mismas, así como la adquisición de una greca para decorar las andas, que puede verse en las fotos de entonces.
Por otra parte, se acordó también la confección de un nuevo manto para la imagen de Jesús, para lo cual se solicitó la ayuda económica voluntario de los hermanos.
En 1967, y con una profunda crisis económica e ideológica, este paso es sustituido por el actual de Federico Coullaut-Valera.
«El hermano Maximiliano López, representante de nuestra hermandad en la Junta de Cofradías, informa sobre la buena marcha de las gestionas de esta Junta con respecto al nuevo paso, que con la colaboración económica del Ayuntamiento, y con destino a nuestra hermandad, desfilará el próximo año en la festividad del Jueves Santo. Las imágenes serán obra del escultor D. Federico Coullaut Valera.» 
Al año siguiente, la nueva imagen del escultor madrileño pudo al fin ser admirada por los conquenses durante la procesión del Jueves Santo.El compositor conquense Julián Aguirre dedicó a esta Hermandad, en el año 1980, la marcha procesional titulada "Oración del Huerto". En 1998 la Hermandad publica el libro Huerto del Jueves Santo. Historia de una Hermandad, del hermano Julián Recuenco.
